企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除是企業(yè)進(jìn)行技術(shù)開發(fā)時(shí)普遍享受的一項(xiàng)稅收優(yōu)惠政策。企業(yè)所得稅法第三十條和企業(yè)所得稅法實(shí)施條例第九十五條有關(guān)研究開發(fā)費(fèi)用的加計(jì)扣除規(guī)定為：企業(yè)開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用，未形成無(wú)形資產(chǎn)計(jì)入當(dāng)期損益的，在按照規(guī)定據(jù)實(shí)扣除的基礎(chǔ)上，按照研究開發(fā)費(fèi)用的50%加計(jì)扣除;形成無(wú)形資產(chǎn)的，按照無(wú)形資產(chǎn)成本的150%攤銷。
　　高新技術(shù)企業(yè)進(jìn)行技術(shù)開發(fā)，投入大，適用開發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除政策能獲得很大實(shí)惠。但在企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用歸集上，《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法(試行)〉的通知》(國(guó)稅發(fā)〔2008〕116號(hào)，以下簡(jiǎn)稱辦法)和《科技部、財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引〉的通知》(國(guó)科發(fā)火〔2008〕362號(hào)，以下簡(jiǎn)稱指引)的規(guī)定存在差異，企業(yè)在計(jì)算可加計(jì)扣除的研究開發(fā)費(fèi)用時(shí)，應(yīng)遵循辦法的規(guī)定，謹(jǐn)慎處理。
　　辦法與指引在研究開發(fā)費(fèi)用規(guī)定上，主要有以下幾項(xiàng)差異：
　　一是在人員人工費(fèi)用規(guī)定方面，辦法所列人員人工費(fèi)用為在職直接從事研發(fā)活動(dòng)人員的工資、薪金、獎(jiǎng)金、津貼、補(bǔ)貼，不包括指引所列的與任職受雇相關(guān)的其他支出，如企業(yè)為研發(fā)人員繳納的“五險(xiǎn)一金”支出等。
　　二是在折舊費(fèi)用方面，辦法所列折舊費(fèi)用為專門用于研發(fā)活動(dòng)的儀器、設(shè)備的折舊費(fèi)租賃費(fèi)，不包含指引所列研究開發(fā)項(xiàng)目在用建筑物的折舊費(fèi)用，以及研發(fā)設(shè)施改建、改裝、裝修和修理過(guò)程中發(fā)生的長(zhǎng)期待攤費(fèi)用。
　　三是委托外部研發(fā)時(shí)，辦法要求對(duì)委托開發(fā)的項(xiàng)目，受托方應(yīng)向委托方提供該研發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出明細(xì)，否則，該委托開發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出不得實(shí)行加計(jì)扣除，而指引對(duì)此沒(méi)有要求。
　　四是在其他費(fèi)用方面，辦法所列其他費(fèi)用包括技術(shù)圖書資料費(fèi)、資料翻譯費(fèi)、研發(fā)成果的論證、評(píng)審、驗(yàn)收費(fèi)用，不包含指引所列辦公費(fèi)、通信費(fèi)、專利申請(qǐng)維護(hù)費(fèi)、高新科技研發(fā)保險(xiǎn)費(fèi)，且辦法對(duì)其他費(fèi)用沒(méi)有要求不能超過(guò)總研發(fā)費(fèi)用10%的比例限制。
　　此外，在費(fèi)用的歸集上，目前還有不明確的地方。比如委托開發(fā)，對(duì)于包括在委托方開發(fā)費(fèi)用中的受托方開發(fā)利潤(rùn)是否可以作為符合條件的研發(fā)費(fèi)用作加計(jì)扣除尚不明確。再如合作開發(fā)，辦法規(guī)定，對(duì)企業(yè)共同合作開發(fā)的項(xiàng)目，由合作各方就自身承擔(dān)的研發(fā)費(fèi)用分別按照規(guī)定計(jì)算加計(jì)扣除。“合作各方自身承擔(dān)的研發(fā)費(fèi)用”是各方實(shí)際支付的研發(fā)費(fèi)用，還是按照合作開發(fā)協(xié)議應(yīng)當(dāng)承擔(dān)的研發(fā)費(fèi)用尚不明確。
　　從上述兩個(gè)文件的分析比較可以看出，辦法規(guī)定的可加計(jì)扣除的研究開發(fā)費(fèi)用，并非是按照指引所歸集的全部研究開發(fā)費(fèi)用，按辦法歸集的研究開發(fā)費(fèi)用的口徑小于指引歸集的研究開發(fā)費(fèi)用。因此，高新技術(shù)企業(yè)應(yīng)嚴(yán)格按照辦法的規(guī)定進(jìn)行研究開發(fā)費(fèi)加計(jì)扣除。