《非居民企業所得稅源泉扣繳管理暫行辦法》（國稅發[2009]3號）規定，扣繳義務人未按照規定辦理扣繳稅款登記的，主管稅務機關應當按照《稅務登記管理辦法》第四十五條、四十六條的規定處理。即扣繳義務人未按照規定辦理扣繳稅款登記的，稅務機關應當自發現之日起3日內責令其限期改正，并可處以2000元以下的罰款；納稅人、扣繳義務人違反《稅務登記管理辦法》規定，拒不接受稅務機關處理的，稅務機關可以收繳其發票或者停止向其發售發票。

　　此外，《非居民企業所得稅源泉扣繳管理暫行辦法》（國稅發[2009]3號）還規定，扣繳義務人未按規定的期限向主管稅務機關報送《扣繳企業所得稅合同備案登記表》、合同復印件及相關資料的，未按規定期限向主管稅務機關報送扣繳表的。未履行扣繳義務不繳或者少繳已扣稅款的、或者應扣未扣稅款的，非居民企業未按規定期限申報納稅的、不繳或者少繳應納稅款的，主管稅務機關應當按照《稅收征管法》及其實施細則的有關規定處理。對于扣繳義務人未履行扣繳義務不繳或者少繳已扣稅款的、或者應扣未扣稅款的，《稅收征管法》規定，扣繳義務人應扣未扣、應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣未扣、應收未收稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。

　　[例]境外投資者A為非居民企業，于2008年1月投人中國居民企業B公司美元現匯210萬美元，投入當期美元對人民幣匯率為1：7.8087，同年6月投入B公司歐元現匯50萬歐元，投入當期歐元對人民幣匯率為1:10.4999；2008年10月投入港幣現匯250萬元，投入當期港幣對人民幣匯率為1:0.9683。該公司經審驗后的注冊資本折合人民幣金額是210×7.8087+50×10.4999×250×0.9683，即2406.90萬元。2010年1月投資者A公司將該股權轉讓給境內投資者C，其轉讓價款為人民幣6000萬元，當時美元對人民幣的匯率為1:6.285。

　　由于投資者A首次投入資本時的幣種為美元。則股權轉讓價和股權成本價以美元計算，首先考慮將不同期間的歐元、港幣外匯折算為美元的匯率。
　　2008年6月歐元兌美元匯率=770.55/1049.99≈0.7339
　　2008年10月美元兌港幣匯率=751.08/96.83≈7.7567
　　2009年12月美元兌人民幣匯率=6.8285

　　計算股權轉讓價=6000萬人民幣／6.8285=878.67（萬美元）

　　股權轉讓成本：第一次為210萬美元，第二次為68.13萬美元（50萬歐元／0.7339），第三次為32.23萬美元（250萬歐元／7.7567），合計為310.36萬美元。
　　股權轉讓所得=878.67-310.36=568.31（萬美元）
　　股權轉讓應納所得稅=568.31萬美元×100%×6.8285=388.07（萬元）人民幣