一是由于對增值稅和所得稅審計程序的設計依據的是1996年前的稅法和財務會計制度，經過多年的演變，早已時過境遷，該指南在審計增值稅和所得稅會計方面已失去了應有的針對性、實用性和指導性；

      二是由于規定過于簡單，造成包括對增值稅和所得稅在內的所有稅種的審計程序均不規范明確；

      三是使注冊會計師對企業納稅問題的審計無規可依；

      四是在執業規范指南中作出的規定屬于建議性或指導性的要求，其層次不高、約束力不強，不足以引起注冊會計師的重視。

      （4）由于大多數企業在納稅調整的處理基本上無賬可尋，有的甚至沒有調整的明細記錄，使企業提供完整會計資料和記錄的審計前提受到嚴重影響，如果注冊會計師接受委托，又不對這方面的影響發表意見，不僅可以理解為注冊會計師對企業不履行會計責任的認可，而且可以理解為會計資料不完整不影響注冊會計師的審計，對這兩個誤解審計準則目前還無法圓滿解釋。

稅法規定和執行上的弊端

      我國稅法的剛性不足，常有一些需要解釋和補充的方面，人們在具體執行中對一些問題的認識也是見仁見智，這取決于執行人的業務水平高低、對問題的理解和寬嚴程度，這些情況往往造成對一些具體問題的執行結果因人而異，正如稅務部門中流傳的“10個人查所得稅可能是10種結果”一說。由此可見，注冊會計師對納稅調整的審計不能被稅務機關認可，以及注冊會計師有時在審計納稅問題上的無所適從也就不足為奇了。