《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局2012年第57號公告，以下簡稱57號公告）結合2008年匯總納稅政策執行以來出現的問題，對原匯總納稅政策進行了部分調整。

　　主要變化包括：一是明確了總、分支機構都要進行年度匯算清繳申報，共同參與應補退稅款分配。即匯算清繳應補應退稅款按照預繳分配比例分配給總分機構，由總分機構分別就地辦理稅款繳庫或退庫。改變了原政策年度匯算清繳由總機構通過中央國庫統一辦理補退稅款、分支機構不參與就地分享的做法。

　　二是預繳申報及年度匯算清繳中，計算分配比例的“三因素”基數統一確定為各分支機構上年度的營業收入、職工薪酬、資產總額。分配比例不再以1月～6月或7月～12月上下半年做區分，一個納稅年度中，原則上各分支機構的分攤比例預繳與年度匯算清繳一致。

　　三是明確了總分機構查補稅款就地入庫問題，突破了就地監管的政策瓶頸。57號公告規定，總機構的查補稅款，統一計算查增應納稅所得額和應納稅額后，按總機構50%、各分支機構50%入庫；分支機構的查補稅款，按總機構50%、被查的分支機構50%入庫。

　　四是更加細化、規范了總分機構日常管理及納稅申報需要報送的資料。特別明確了年度匯算清繳申報，總機構及各分機構報送的資料中，不僅包括年度申報表、財務報表、分配表，還需附送各分支機構按附表三《納稅調整項目明細表》項目參與年度匯算清繳的納稅調整情況說明。

　　上述政策調整，對年度匯算清繳最重要的影響在于：總、分支機構年度匯算清繳的申報出現變化。新政策規定，匯總納稅企業年度匯算清繳時，由總機構匯總計算年度應納所得稅額，扣除總、分支機構已預繳稅款計算出的應繳應退稅款，按照政策規定的稅款分攤方法，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。《國家稅務總局關于明確跨地區經營企業所得稅匯總納稅分支機構年度納稅申報有關事項的公告》（國家稅務總局公告2013年第44號）進一步明確，匯總納稅企業的分支機構年度納稅申報，用《企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表（A類）》填報，并同時附送《匯總納稅分支機構分配表》。

　　2013年是57號公告發布后的第一個匯算清繳年度，也是匯總納稅總、分支機構第一次按新政策進行匯算清繳申報，需要掌握以下原則：一是總、分支機構年度申報與預繳申報的申報方式一致；二是各分支機構之間分攤稅款的分配比例，年度納稅申報與當年度預繳申報一致，即統一為上年度各分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算的分配比例；三是年度匯算清繳總、分支機構分別就地辦理稅款繳庫或退庫。