4．項目承擔企業因客觀原因需對合同主要內容調整變更時，應及時提出書面申報，經管理中心批準后執行。不得在項目驗收時補充辦理。企業申報合同變更，在管理中心未做出正式答復前仍按原合同執行。
二、資金撥付
按照《科技型中小企業技術創新基金財務管理暫行辦法》的規定，創新基金項目資金在合同簽訂后分兩次撥付。
1．無償資助方式支持的項目立項后首次撥款70％，項目驗收后根據驗收結果撥付其余資金（第二次撥款）；貸款貼息方式支持的項目立項后首次撥款80％，項目驗收后根據驗收結果撥付其余資金。
2．管理中心根據每年立項項目情況分批編制項目首次撥款計劃，報財政部審批。首次撥款依據每一批項目的合同簽訂要求及實際合同簽訂情況上報首次撥款文件，無故逾期完成簽訂合同的，原則上不再辦理撥款。
3．管理中心按照項目驗收結論編制第二次撥款計劃，報財政部審核（自2004年起，創新基金撥款改為中央財政轉移支付后，由于執行財政預算時間的要求，原則上每年8月底至第二年預算下達前不再編制二次撥款計劃）。
4．財政部對管理中心報送的立項項目首次撥款計劃和二次撥款計劃審核后，將創新基金項目資金指標下達到項目所在地省級財政部門，并按照財政國庫管理制度的有關規定辦理資金撥付。
第六章 監理和驗收
創新基金項目的監理、驗收工作依照《科技型中小企業技術創新基金項目監督管理和驗收工作規范》進行，由管理中心負責組織實施。
一、監理
1．推薦單位負責本地區創新基金項目的日常監理和驗收工作；省級財政部門負責對本地區創新基金的運作和使用進行監督、檢查。創新基金項目的推薦單位（項目組織單位）原則上為基金項目的地方監督管理單位（以下簡稱地方監理單位）；根據項目推薦與屬地管理相結合的原則，對轄區內基金項目的實施進行監督管理。
2．企業（機構）在與管理中心、推薦單位簽訂合同后，就成為基金項目的承擔單位。項目承擔單位應接受管理中心、地方監理單位的監督、檢查。并按照規定填報創新基金項目《監理信息調查表》年報、半年報，并對所提供的監理信息的真實性負責。
3．項目承擔單位連續兩次未按照規定填報《監理信息調查表》（年報、半年報）的，管理中心將依據有關規定做出相應的處理。
二、驗收
1．基金項目驗收工作，原則上應在合同到期后一年內完成。未經許可，沒有按期驗收的項目，管理中心將依據有關規定做出嚴肅處理。
2．一般創新項目、初創期小企業創新項目的驗收工作由當地省級科技主管部門負責。省級科技主管部門可以直接或委托地方監理單位組織驗收；重點創新項目由管理中心組織驗收。管理中心依據驗收材料，對基金項目進行綜合評價，并做出驗收結論性意見。驗收結論意見分為：驗收合格、驗收基本合格、驗收結題、驗收不合格。管理中心將項目驗收結果匯總后報科學技術部、財政部。