2009年重點創新項目繼續體現科學發展觀和構建和諧社會的要求，注重解決當前市場急需和產業升級的關鍵技術問題，加大對國家十大重點振興產業尤其是紡織輕工等行業具有帶動作用的關鍵技術、關鍵創新產品的支持；加強對能源、資源、環境、衛生健康、公共安全等領域關鍵技術創新的支持；加快推進科技創新成果的市場轉化，尤其是前瞻性、戰略性產業項目的培育；必須符合《指南》的支持方向和范圍，對于《指南》中明確提出的“本年度重點創新項目優先支持的內容”給予優先支持。
重點創新項目采用無償資助方式，資助金額為100－200萬元。申報工作由推薦單位負責。推薦單位根據重點創新項目申報條件將地方重點支持的項目推薦給管理中心，可采取先行申報后立項支持的方式，地方支持額度不低于創新基金支持數額的60%。
重點創新項目的申報條件：
1. 企業職工人數不超過500人；年營業收入不超過30000萬元；資產總額不超過30000萬元；至少有三年的運營時間。
2. 符合《項目指南》規定的支持方向，其中符合重點創新項目支持方向優先；項目技術領域是國家及地方重點或急需發展的領域，與產業或行業關聯度很大，對產業或行業的發展影響較大；
3. 技術含量高，創新性強，有自主知識產權，優先支持已獲得發明專利的項目；
4. 企業具有較高的成長性，3年的營業收入增長率不低于150%，最近一年的營業收入增長率不低于50%，加權平均凈資產收益率不低于10%，在被分析的三個年度中，第一年企業營業收入不少于1000萬元；
（2009年申報企業3年的銷售收入增長率=（2008年度企業銷售收入-2006年度企業銷售收入）÷2006年企業銷售收入×100 %；加權平均凈資產收益率=2008年度凈利潤÷2008年度平均凈資產×100%）
5. 市場前景好、經濟社會效益顯著，有較大的影響力和顯示度；
6. 企業已獲得過創新基金支持，且項目驗收合格；已獲得過創業投資或風險投資的優先支持。
7．企業需提交經會計師事務所（或審計師事務所）審計的企業2006年度、2007年度、2008年度的會計報表和相應的審計報告（含會計師事務所營業執照、注冊會計師證書的復印件），申報前最近一個月的會計報表。
重點創新項目評審除采取專家“背對背”集中評審方式外，部分項目還要進行答辯或現場考察。未列入重點創新項目支持的，不作為一般項目立項。
申報截止時間為2009年6月15日。
（四）西部欠發達地區專項試點
2009年將在對西藏、青海、寧夏、新疆、貴州、廣西省區試點的基礎上，增加對甘肅、云南、內蒙古等西部欠發達地區的試點工作。西部欠發達地區專項試點單位應根據本地區的資源、產業特色，制定三年發展規劃，經管理中心審核后，從確定的支持范圍內提出申報項目，管理中心將根據此類項目的特點制定評價指標體系。